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Vienna RNA Package维也纳大学RNA二级结构预测与比较软件包包括一个C代码库和一些独立的项目RNA二级结构的预测和比较。
通过能量最小化RNA二级结构预测是最常用功能包。我们提供三种结构预测的动态编程算法:最小自由能(朱克& Stiegler 1981)算法产生一个单一的最优结构,(麦卡斯基尔1990)的配分函数算法计算热力学合奏碱基对的概率,和次优的折叠算法(Wuchty出版社1999)生成所有理想结构在给定的能量范围内的最优能量。二级结构比较,包包含若干措施的距离(异同)使用字符串对齐或treeediting(1990年夏皮罗&张)。最后,我们提供一个算法来设计与一个预定义的序列结构(逆折)。
