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PeptideShaker就是这样的一个工具，去了解在不同的方法的问题。有了它，用户可以查询9平台的蛋白质组学结果的解释：X串联，MSGF+，MS阿曼达，OMSSA，MyriMatch，彗星，汰渍，吉祥物和mzIdentML。这减少错误的风险，并确保数据的适当分析。
但是，任何蛋白质加工之前，用户应该知道，该应用程序是资源高度密集，至少需要4 GB的RAM。此外，应安装最新的Java版本（如果不能启动该程序，用户应该尽量在64位版本）。
判断蛋白质和肽涉及高度复杂的算法和统计方法。幸运的是，在数字化工具的指数增长也意味着生物学家，化学家，物理学家和其他专业人士感兴趣的蛋白质组学领域，现在在他们的处置功能强大的分析工具。
1.9.3：
特点改进：由@大卫 bossie建议多的修复和增强的荧光粉。
BUG修复：在mzIdentML出口更正CV条款。
库中更新：更新实用程序4.5.11版本。
