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根据市场需求，慧源软件在慧源医院系统小型网络版基础上，针对新型农村合作医疗的功能需求，对《医院信息系统（合作医疗版）》进行了统一的整体设计，一方面扩充和完善原的数据库，另一方面整合新的数据流程，增加新的功能。这些新的功能主要是：在“门诊收费”中新增“合作医疗收费”功能；在“住院收费”中新增“参合人入院”功能、“参合人出院结算”功能；在“系统维护”中新增“合作医疗帐户管理”功能、“合作医疗帐户成员管理”功能、“合作医疗筹集资金管理”功能等等，从而形成这套《医院信息系统（合作医疗版）》。
这套软件，共有三个客户端系统：收费管理系统、药品管理系统和综合查询与参数管理系统。
合作医疗版收费管理系统的主要功能：
门诊收费：普通收费开票、合作医疗收费、退款、发票查询、门诊收费当班报表、收款人工作汇总表、退出
住院收费：办理普通入院、参合人入院、费用记帐、住院费用零收、预交款录入、收款当班报表、收款汇总表、普通出院结算、参合人出院结算、发票重打、撤消结算
收费报表：门诊收费分科汇总表、门诊收费分类汇总表、门诊收费分医师汇总表、住院病人催款单、住院病人费用清单、住院收费分科汇总表、住院收费分类汇总表、住院收费分医师汇总表、合作医疗综合报表（门诊）、合作医疗综合报表（住院）、合作医疗综合报表（汇总）
系统维护：合作医疗帐户管理、合作医疗帐户成员管理、合作医疗筹集资金管理、修改密码、打印参数管理、服务器连接参数管理
系统帮助：帮助主题、软件注册、关于本软件新增的“超级查询”功能，大大方便了用户的操作使用。
