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根据市场需求，慧源软件在慧源医院系统小型网络版基础上，针对新型农村合作医疗的功能需求，对《医院信息系统（合作医疗版）》进行了统一的整体设计，一方面扩充和完善原的数据库，另一方面整合新的数据流程，增加新的功能。这些新的功能主要是：在“门诊收费”中新增“合作医疗收费”功能；在“住院收费”中新增“参合人入院”功能、“参合人出院结算”功能；在“系统维护”中新增“合作医疗帐户管理”功能、“合作医疗帐户成员管理”功能、“合作医疗筹集资金管理”功能等等，从而形成这套《医院信息系统（合作医疗版）》。
这套软件，共有三个客户端系统：收费管理系统、药品管理系统和综合查询与参数管理系统。
合作医疗版药品管理系统的主要功能：
门诊药房：门诊处方划价、门诊处方修改、门诊处方发药、门诊处方退药、门诊处方查询、门诊药品接受、门诊期初库存设置、门诊药房退库
住院药房：住院处方划价、住院处方修改、住院处方发药、住院处方退药、住院处方查询、住院药品接受、住院期初库存设置、住院药房退库
药库管理：药品入库、药品出库、药品调拨、价格调整、调价查询、库存结转、接收药房退库、药库退药、调拨退库
统计报表：药房数据统计、门诊药房库存明细、门诊药房利润查询、住院药房利润查询、住院药房利润查询、药品入库单查询、药品出库单查询、药品调拨单查询、药库库存明细、药库利润查询、超级查询
系统维护：修改密码、服务器参数设置、报表设置、数据字典设置、系统运行配置
系统帮助：帮助主题、软件注册、关于、退出
本软件新增的“超级查询”功能，大大方便了用户的操作使用。
