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本指南基于EMBOSS 2.8.0而编写。
参考文献：Rice P, Longden I, Bleasby A.（2000） “EMBOSS: the European Molecular
Biology Open Software Suite”. Trends Genet. 2000 Jun;16(6):276-7.
简 介
欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite，EMBOSS)
是一个开源的序列分析软件包，可在UNIX系统上以命令行方式运行，目前也已经有基于
X窗口系统和Web的图形界面的EMBOSS。该软件包源于1988年开始开发的EGCG系统，
整合了目前可以获得的大部分序列分析软件，并有一套专门设计的C语言库函数。
安装
可从ftp://ftp.uk.embnet.org/pub/EMBOSS/下载最新版EMBOS，并参考以下网站所介绍的
方法安装：http://www.rfcgr.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/download.html。
用户图形界面
EMBOSS有许多种图形界面
Jemboss 是一个由EMBOSS的基于JAVA的用户界面。安装Jemboss时应使用EMBOSSx.
x.x/jemboss/utils目录下的安装脚本，Jemboss的安装介绍见：
。
用户支持和邮件列表
邮件列表 [email protected]可讨论使用时遇到的问题。要订阅这个列表，请发邮件到：
[email protected]，邮件内容为：subscribe emboss.这个邮件列表文档位于：
http://www.rfcgr.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/HYPERMAIL/emboss
错误信息请发送到：[email protected]
程序帮助
寻找一个程序，可以使用EMBOSS 应用程序wossname，用一个关键字对所有程序的描述
进行搜索。
wossname keyword 显示在描述信息中包含该关键字的所有程序列表
wossname -alphabetic –auto 显示所有程序
programname –help 给出该程序的可用参数
tfm programname 显示该程序的文档
文档同时在线给出：
http://www.rfcgr.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/Apps
序列格式
序列储存在数据库内或是以纯文本存于文件内。EMBOSS不支持Word处理的文件！缺省
的序列格式是fasta。这个格式的第一行是初始标题行包含一个“>”，其后是序列描述的，
第二行及以后的行是序列，例如：
>fau Human FAU gene fragment
GACCGGCCAGGAAACGGCATG
当前的EMBOSS 支持42 种格式，包括Clustal, EMBL, GCG, GenBank, PIR, MSF, Phylip,
SwissProt, Text(raw)。
所以程序的缺省输出可以通过环境变量的设置来改变：
setenv EMBOSS_OUTFORMAT format
序列比对输入/输出格式
几种格式作为EMBOSS输出格式被写入或采用。
多序列比对
simple 显示名字、位置和序列，下面有标记行[缺省]
fasta 标准的fasta显示，Gaps用“-”显示
msf 标准的MSF格式，序列内部和末端的Gaps用“.”显示
srs 与simple格式相似，只是没有标记行
trace 用于调试的详细形式
双序列比对
pair 双序列比对的简单格式[缺省]
markx FASTA程序包的标准输出
srspair 与pair格式相似
score 分值输出，没有序列显示
任何来自Bill Pearson FASTA 软件包的程序都有一个markx的缺省格式。
-aformat 改变输出格式
-awidth 显示比对宽度
-ausashow 在比对中显示全USA（见稍后）
特征格式
gff Sanger研究所定义的普通的特征格式[缺省]
embl EMBL数据库使用的特征表（em）
swissprot Swissprot数据库使用的特征表（swiss）（sw）
-ufo UFO（uniform features object同一特征对象）特征
-fformat 开放特征格式
这些标记可以通过使用“o”作为前缀用于输出，例如：-oufo
-fbegin 指定起始位置
-fend 指定末尾位置
-freverse 反转特征（只用于DNA）
图形格式
-graph 静态的图形用PLP图，输出可以是X11[缺省]，PNG，ps，tektronics 等
序列数据库
你的本地EMBOSS安装也许要很多序列数据库支持，程序showdb可以显示所有可用的数
据库。
Uniform Sequence Address(USA)统一序列称谓
USA是一种在EMBOSS中指定序列的明确的方式。它遵循下面的语法：
Format::database:entry
只有纯文本或IntelliGenetics格式需要指定，EMBOSS可自动识别其余的格式。
你也可以使用：
filename 所有序列在一个文件内
filename:entry 所有序列条目在一个文件内
@listfilename 一个列表文件（见稍后）
asis:ACGACTGACGG 一个特定的短序列
在USA 中，序列条目可以包含“*”作为通配符匹配多个序列条目，序列可以通过增加
[start:end:rev]位置信息来指定。这个rev 关键字将反转互补一个DNA序列
使用这些字的命令行必须包含在双引号内：
例如：seqret “embl:hs*”
可以通过指定范围信息赖获取局部序列：
例如：seqret “embl:hsfau[1:57]”
一个序列的最后100个碱基可以通过一个负的起始位置指定：
例如：seqret “embl:hsfau[-100：]”
列表文件
一个列表文件包含USA的列表（一行一个），一个程序可将多个序列读入，列表文件的
输入是@listfile，空行和以“#”号起始的USAs将被忽略。而且对于一个列表文件中的不同
格式没有限制。
格式转换
Seqret可以指定一个序列的输入输出格式。Seqret可以读入一种格式的序列，然后改写成另
外一种格式，例如转换一个序列成GCG格式：
seqret in.seq gcg:：out.seq
命令行和参数
EMBOSS程序和其他内部的脚本一样被设计成在命令行上运行，。为了定制它们的行为，
每个程序有一套参数，通常称为选项或标记。
有3种类型的参数：标准、额外、高级。每个程序允许的标记的信息都在帮助文件里。
如果标准（强制的）参数值没有指定，程序将提示它们。
如果额外（可选择的）参数缺失，缺省值将被使用，除非你在命令行上使用options
（或opt）选项。
EMBOSS程序从不提示高级参数，它们必须是被明确指定的，在程序文档中有它们的
定义。
一般限定词
这些可以用于任何程序：
-auto 关闭提示和描述，用于运行程序脚本时
-stdout 缺省输出到标准输出（屏幕）
-filter 缺省从标准输入（键盘）读入，写出到标准输出（屏幕）
-options 提示所有要求的和额外的值
-debug 写调试结果到文件programname.dbg
-help 报告命令行选项，或用“help verbose”获得更多相关和普通的信息。
-warning 警告报告
-error 错误报告
-fatal 致命错误报告
-die 程序死亡报告
每个可以加上前缀“no”来否定该动作
例如： -nowarning
-sbegin 指出序列第一个位置
-send 指出序列最后一个位置
一些主要程序
当前版本的EMBOSS 提供了近200个应用程序。使用wossname可以看到所有你感兴趣的
命令；用seealso可以察看与莫个命令相关的命令。
命令（例子）
seqret 读写序列
est2genome 比对EST和基因组DNA序列
needle Needleman-Wunsch全局比对
water Smith-Waterman 局部比对
dotmatcher 显示一个阈值的两序列比对的点图
remap 显示序列的限制性酶切位点，翻译等
prettyplot 使用颜色和方框显示比对序列
extractseq 从一个序列中提取一段序列
revseq 得到一个序列的反向互补序列
plotorf 图形显示潜在的开放读码框
等等
实用程序
embossdata 找到或取出用EMBOSS程序读入的数据文件
embossversion 显示出当前EMBOSS的版本号
本文档由英国EMBnet节点的Lisa Mullan设计和撰写，由EMBnet的P&PR发布委员会发
布。
EMBnet－欧洲分子生物学网络－是一个由众多欧洲生物信息中心组成的生物信息网络。大
多数国家都有一个国家节点，能为生物信息软件用户提供培训课程和其他形式的帮助。
你能从EMBnet站点发现关于你的国家节点的信息：
http://www.embnet.org/
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