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Window版CANOCO 4.5 软件由几个相关程序组合成。在这一节我们将简单介绍一下各个程序的功能。然后再接着介绍这些程序的具体使用方法。这一章不能代替CANOCO软件的自带说明书，但对于初学者使用CANOCO还是很有帮助的。
CANOCO for Window 4.5
这个程序是CANOCO的核心。通过使用它，你可以指定要分析的数据和排序模型，选择分析的类型。你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析，也可以任意改变样方或物种的权重。所以这些选择都被集中在CANOCO程序的对话框中。
CANOCO for Window带有比较全面的排序方法。核心部分是基于线性模型的PCA和RDA，基于单峰的模型的CA,DCA和CCA。在这些基本排序方法基础上，CANOCO也可以做CVA（典范变量分析）,PCoA（主坐标分析）。但NMDS并没有被包括，因为的确用得很少。
WCanoImp
这个程序的功能在1.7节已经讨论。但这个程序用法受到了window的剪贴板和电子表格文件的限制。比如在Excel2003以前的版本，列数仅有256列，这就意味着样方数或物种数不能两个同时超过256个，否则需要分割。当然行数宽松点，但不能超过65536行。如果你的数据超过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部分，经过WCanoImp转化后，再用CanoMerge程序拼接起来。（Excel2007的行列已经没有限制，这个问题已经不复存在）
